Jan Grzegorczyk urodził się 12 marca 1959 roku w Poznaniu. Studiował polonistykę w latach 1978-82 na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu. Pracę magisterską pisał na temat powieści Romana Brandstaettera „Jezus z Nazarethu” u prof. Jerzego Ziomka. W 1982 roku rozpoczął pracę w redakcji miesięcznika „W drodze”, z którą związany jest do dziś. W latach 80. miesięcznik „W drodze”, którego redaktorem naczelnym był dominikanin ojciec Marcin Babraj skupiał wokół siebie szereg wybitnych twórców, jak Anna Kamieńska, Roman Brandstaetter, Andrzej Kijowski, Gustaw Herling Grudziński czy Julian Stryjkowski. Kontakt z nimi miał duży wpływ na przyszłą twórczość Jana Grzegorczyka. Szczególnie znacząca w tym względzie była przyjaźń z Romanem Brandstaetterem, jednym z najwybitniejszych pisarzy chrześcijańskich, który przepowiedział mu jego przyszłość literacką. Grzegorczyk był redaktorem ostatnich książek Romana Brandstaettera.
Ogromne znaczenie miała w rozwoju pisarstwa Jana Grzegorczyka wieloletnia przyjaźń i literacka współpraca z ojcem Janem Górą, dominikaninem, pisarzem, twórcą „Lednicy2000”. Grzegorczyk najpierw był redaktorem jego książek, potem razem książki pisali m.in. „Góra albo jak wyżebrać niebo i człowieka”, „Ryba to znaczy Chrystus” czy „Skrawek Nieba”. Ostatnią ich książką, która okazała się testamentem zmarłego w grudniu 2015 roku, był „Święty i błazen”(2014)
Nieoceniona dla twórczości Jana Grzegorczyka, była także przyjaźń z dominikaninem Pawłem Kozackim (od 1995 do 2012 roku redaktor naczelny miesięcznika „W drodze”) oraz trapistą Michałem Zioło, którzy byli zwykle jednymi z pierwszych recenzentów jego prac i pomysłów.
Grzegorczyk przeprowadził dziesiątki wywiadów. Do najbardziej znaczących należały jego rozmowy z Romanem Brandstaetterem, Janem Dobraczyńskim, ks. Janem Twardowskim, Zenonem Laskowikiem, benedyktynem ojcem Karolem Meissnerem. Grzegorczyk swoimi artykułami i wywiadami zawsze wsadzał kij w mrowisko. Podejmował tematy z pogranicza tabu. Wiele kontrowersji na początku lat dziewięćdziesiątych wzbudziła jego rozmowa z młodymi księżmi, („Ksiądz do tańca i do różańca”), w której zostały poruszone trudne problemy formacji w polskich seminariach duchownych. Była to jakby publicystyczna zapowiedź jego przyszłych głośnych książek o przypadkach księdza Grosera „Adieu” (2003) i „Trufle” (2004), „Cudze pole” (2007), „Jezus z Judenfeldu”(2013) oraz „Perła”(2016).
Debiutował książką „Każda dusza to inny świat” (1998) poświęconą „Bożemu miłosierdziu, św. Faustynie, ks. Michałowi Sopoćce i dzieciom marnotrawnym”. Od tej pory właściwie wszystkie książki Grzegorczyka — łącznie z jego najnowszą książką „Niebo dla akrobaty” (2006) — są wariacjami jego opowieści o miłosierdziu. Według niego jest ono osią, wokół której kręcą się dzieje człowieka.
Jan Grzegorczyk jest także autorem scenariuszy do filmów dokumentalnych („Raj nieodzyskany”, „Widziałem wielu Bogów”, „Skrawek nieba”) i słuchowisk radiowych „List od Papieża”, „Tata kupi mi auto”).
Przez wiele lat tłumaczył z żoną książki, głównie z języka angielskiego. Szczególne znaczenie miało dla niego zapoznanie się z twórczością holenderskiego księdza Henriego Nouwena, autora takich dzieł, jak „Zraniony uzdrowiciel”, „Przekroczyć siebie”, „Powrót syna marnotrawnego”.
Od roku 2000 pracuje także w wydawnictwie „Zysk i S-ka”, gdzie kieruje działem literatury polskiej, religijnej i sportowej. Choć konieczność poruszania się po tematyce bardzo rozległej bywa na co dzień męcząca, Jan Grzegorczyk bardzo sobie ceni ten charakter swej pracy. „Przynależność do różnych światów jest źródłem moich literackich inspiracji. Moje niedole są moim błogosławieństwem. Bez tych podróży do ludzi zamieszkujących odległe od siebie duchowo kontynenty, nie wiem, czy potrafiłbym pisać” — wyznaje.
W roku 2011 odszedł z miesięcznika „W drodze”.
Jan Grzegorczyk ma żonę Justynę, dwie córki — Weronikę i Nastazję, oraz pięcioro wnuków — Bazylego, Marcelego, Kazimierza, Brygidę i Józefinę.